由于医疗废物具有全空间污染，急性传染和潜伏性污染等特征，其所含有的微生物的危害性是普通生活废物的几十、几百甚至上千倍，如处理不当，会成为医院感染和社会环境公害源，更严重可成为疾病流行的源头。医疗废物中含有不同程度的细菌、病毒和有害物质。而且废物中的有机物不仅滋生蚊蝇造成疾病的传播，并且在腐败分解时释放出的氨气(NH3)、硫化氢(H2S)等恶臭气体，生成多种有害物质，污染大气，危害人体健康；同时也是造成医院内交叉感染和空气污染的主要原因，由医疗废物引起的交叉感染占社会交叉感染率的20%。

污染环境

暴露在外未处理的医疗垃圾：医疗垃圾对大气、地下水、地表水、土壤等均有污染作用。垃圾露天堆放，造成大量氨气、硫化物等有害气体的释放，严重污染大气，其中垃圾分解散发的多氯联苯、二恶英等，均是致癌物。医疗垃圾携带的病原体、重金属和有机污染物经雨水和生物水解产生的渗滤液作用，可对地表水和地下水造成严重污染。垃圾渗滤液中的重金属在降雨的淋溶冲刷作用下进入土壤，导致土壤重金属累积和污染。对医疗垃圾处理不当还可对环境造成二次污染。

人体健康

医疗垃圾中有许多致病微生物，又往往是蚊、蝇、蟑螂和老鼠的繁殖地。这些病菌可以通过在垃圾中生活的生物，转移给人类。医疗垃圾中还可能存在化学污染物及放射性等有害物质，具有极大的危险性。若对直接暴露于医疗垃圾的从业人员的管理与培训不是很严格，可能还会造成更多的危害。有些人将大量病人使用过的输液器、塑料便盆等卖给塑料加工厂生产生活日用品，并进入超市卖掉。药贩廉价收购百姓手中的过期药品，经过修改批号、重新包装后，再次出手牟利。有人将使用过的一次性医疗器具私下卖给个体商贩，加工包装后卖给一些个体诊所再次使用。